проверка innodb таблиц вызывает их чтение с диска. Большие таблицы, если они не read-only находятся в innodb. Проверка производится при старт. Буферпул забивается мусором (данными к которым в обычной ситуации нет обращения). table cache тоже забивается мусором, потому что открываются все таблицы подряд. у myisam есть опция чтобы проверять и ремонтировать незакрытые таблицы по мере обращения к ним.