EAPI 2 разделяет src_compile на src_configure и src_compile. Как и src_prepare, это сделано исключительно для удобства - чтобы уменьшить необходимость копирования, кроме того это позволяет проще вставлять какие-либо действия между запуском configure и make.

По умолчанию src_configure выглядит так:

src_configure() {
    if [[ -x ${ECONF_SOURCE:-.}/configure ]]; then
        econf
    fi
}

Как видно, это первая часть src_compile из EAPI 1

src_compile выглядит так:

src_compile() {
    if [[ -f Makefile ]] || [[ -f GNUmakefile ]] || [[ -f makefile ]]; then
        emake || die "emake failed"
    fi
}

Оригинал: http://ciaranm.wordpress.com/2008/09/30/eapi-2-src_configure-and-src_compile/