Если машина тормозит, значит скорее всего какой-то (или какие-то) процессы используют много процессорного времени или оченть активно используют дисковую систему.
Если с процессором все ясно - утилиты top и htop ясно показывают кто и сколько процессорного времени ест, то с дисковой подститемой как правило сложнее.

Однако, есть отличная утилита под названием iotop, которая очень похожа на top, только показывает не количество процессорного времени и памяти использованое процессами, а их нагрузку на io-систему.

Некоторое время назад на один из моих серверов повалилась куча запросов с User-agent BTWebClient/1.0 и подобными. Запросов было насколько много, что сервер слег.

Решение оказалось очень простым:

if ($http_user_agent ~ BTWebClient) {
    return 503;
}

Наткнулся на интересную заметку на opennet:

MySQLTuner (http://rackerhacker.com/mysqltuner/) представляет собой Perl скрипт,
анализирующий статистику работы MySQL сервера и на ее основе дающий рекомендации по оптимизации настойки СУБД.

дальше